慢性疲勞綜合征是近幾年來提出的一個較新的綜合疾病綜合征。主要集中在30~50歲的人群，但近年發現，此病有年輕化的趨勢。研究發現女性的發病率約為男性的２倍，特別是上進心強、受教育程度比較高的女性居多。
慢性疲勞綜合征是一種病因不明，多種因素共同作用發生的疾病，干細胞會根據人體的微環境進行歸巢，并通過趨炎性等相關機制對受損組織進行修復，未來將是治療慢性疲勞綜合癥的新選擇。應用干細胞治療具備兩大優勢：
修復受損組織
干細胞對人體各組織具有強大的修復功能，可促進受損部位的細胞再生，增強內源性細胞活性。
調節組織微環境
干細胞通過旁/內分泌機制分泌各種細胞因子，發揮免疫調節和營養支持等作用，提高免疫力。
研究通過大量的臨床試驗來驗證了干細胞回輸來改善慢性疲勞綜合癥的效果及安全性，研究過程選用“疲勞乏力、睡眠質量差”這兩個可量化的典型癥狀作為評估指標。
緩解疲勞：
疲勞乏力是指機體生理過程不能持續其特定程度的功能或不能保持預定的運動強度，高強度勞動會產生乳酸和其他代謝產物，肌肉張力降低。干細胞療法可提高身體活力，及時清除體內有害物質，具有抗疲勞和抗缺氧能力的作用。機體抗疲勞能力最直接、最重要的表現是運動耐力的提高，強迫游泳時間長短可以反映運動疲勞的程度。
研究發現，經過干細胞注射，與對照組相比有明顯延長，且差異極顯著；另外血乳酸、尿素氮和血氨的含量差異也有統計學意義，說明干細胞療法能提高機體抗疲勞的耐力。
提高睡眠質量：
睡眠質量差表現為入睡困難、睡眠不連貫、中途醒來后無法繼續入睡（早醒），影響患者的生活質量。科研人員納入了19例慢性失眠患者進行干細胞療法的研究，另外20例作為對照組，這些患者原先采用其他方法治療效果均不佳。試驗中主要觀察兩組患者的SF-36生活質量評分和PSQI睡眠質量評分。
隨訪1年，干細胞療法組患者的睡眠質量、睡眠障礙和日間功能障礙持續改善，且治療后3個月生活質量評分明顯好于對照組，并持續到隨訪結束，期間無明顯不良反應。干細胞療法提高睡眠質量具有良好的效果。
目前并沒有統一的治療方案，藥物治療主要用于消除臨床癥狀提高生活質量、恢復社會功能，抗病毒藥、免疫調節劑、抗抑郁藥、抗焦慮藥和鎮靜劑等均被采用；此外還有平衡膳食、補充維生素、礦物質、必需的氨基酸等，以及各種放松療法運動療法,但所得到的療效報導不一。
干細胞是人體的起源細胞，尤其是間充質干細胞具有多項分化、組織修復、調節免疫平衡的能力，使其對諸多疾病都表現出了良好的調節效果。有實驗表明，間充質干細胞調節CFS相關癥狀，表現出了非常積極的效果。
據悉，刊登在美國《核子醫學雜志》上的一項研究調查了9例慢性疲勞綜合征患者(平均年齡38.4 歲)和10例健康人(平均年齡39.1歲)的腦內炎癥狀況。結果發現，與健康人相比，慢性疲勞綜合征患者腦內的丘腦、中腦、腦橋、海馬區、杏仁核等部位均發生了大范圍炎癥，而且炎癥程度越深，慢性疲勞綜合征的癥狀越嚴重。這說明慢性疲勞綜合與腦內炎癥有深刻關系。
炎癥環境會導致大腦功能衰退，大腦功能衰退會導致記憶力下降，趨炎性是干細胞的一大特點，干細胞移植后，可以循著趨炎性特點到達免疫紊亂的炎癥部位，對組織微環境進行修復，改善組織器官的炎癥狀態。
來自愛因斯坦醫學院研究人員曾經通過將新生小鼠下丘腦干細胞注入中年小鼠的下丘腦來扭轉大腦衰退。與注射其他類型腦細胞的小鼠相比，注射干細胞的小鼠具有更好的認知和肌肉功能，壽命延長了10%。